La colección de incunables es de especial importancia, con 741 ejemplares. Es la cuarta de España por  su número, después de las de la Biblioteca Nacional, Colombina de Sevilla y Universitaria de Barcelona, y la segunda de España en cuanto al número de incunables españoles. Incluye ediciones tan raras como  dos de las escasísimas muestras de la primitiva imprenta hispana, de la tipografía de Juan Parix, quizá en Segovia,  el Repertorium iuris canonici de Johannes Nicolaus de Millis y los Commentarii in symbolum Atanasii "Quicumque vult" de Pedro de Osma, ambos de hacia 1472-1475.